雖然「馬習會」甫落幕，但後續的爭議問題仍持續延燒。其中總統馬英九在會上聲稱「兩岸人民同屬中華民族，都是炎黃子孫」的言論引發原住民不滿。多個原住民團體日前召開記者會痛批，馬英九再次撕裂台灣多元族群情感，並將原住民族邊緣化，怒吼「我們不是炎黃子孫也不是中華民族！」
台灣基督長老教會原住民宣教委員會、台灣原住民部落行動聯盟、泰雅爾族民族議會、小米穗原住民文化基金會、台灣原住民族學院促進會等多個原民團體日前召開「請問馬總統，台灣原住民是炎黃子孫嗎？」記者會，嚴正批評7日馬習會上馬英九與中國國家主席習近平兩人在閉門會議前稱「兩岸同胞是血濃於水的家人」、「兩岸人民同屬中華民族，都是炎黃子孫」等談話，質疑這些言論再次忽視台灣原住民族主權，破壞台灣族群和諧。
玉山神學院院長、泰雅爾族民族議會代表布興．大立直言，台灣原住民的血統連一滴或幾分之幾，從來都不是從中國來的，「我們是原來這塊土地的主人！」痛批馬英九竟然可以把原住民原來的主權，為了他的歷史定位，出賣台灣原住民。「請你尊重同樣身為台灣一份子的原住民族，而不是在會議裡出賣、否定我們。」
台灣原住民族政策協會代表Pasang則說，馬習會上兩人強調「中華民族、血濃於水」等詞彙，事實上根本暗藏法西斯主義傾向，無形中排斥、敵視非我族類，可能重蹈20世紀間的民族衝突悲劇。Pasang認為，馬為了取得習認同，卻無形在犧牲原住民族和各外來民族，甚至是台灣全體人民的和諧，恐激化島內中國支持者與本土意識之間的「民主內戰」。
